分类属下的种

　　孔子鸟化石 直到目前为止四个属于孔子鸟属的种中，根据路易斯·恰佩(Luis M. Chiappe)带领的研究小组 (Chiappe u. a. 1999)有两种作废: 孙氏孔子鸟(Confuciusornis suniae)和川州孔子鸟(Confuciusornis chuonzhous)，它们与圣贤孔子鸟(Confuciusornis sanctus)所谓的种间差别是不存在的。所有属于这两个种的标本和当时大部分的标本一样归到圣贤孔子鸟中。

　　杜氏孔子鸟(Confuciusornis dui)，1999年被描述的第四个种，和圣贤孔子鸟的区别在于手的比例，颅骨的外形和构造以及胸骨和胸骨肋的构造上。

　　孔子鸟科中的属

　　孔子鸟谱系孔子鸟科除了孔子鸟属外还有长城鸟(Changchengornis)，两者的区别是，后者的喙部更短，上肢孔缺失，肩胛带各结构的外形区别，还有第一个向后的脚趾(后趾Hallux)的长度。根据后趾的长度推测，长城鸟抓取的能力强于孔子鸟。

　　孔子鸟属的共有特征是喙部无牙，上肢三角胸突起的近四边形外形，胸骨V形后边和手爪比例。

　　在2001年被描述的锦州鸟(Jinzhouornis)也是出土自热河组岩层，同样属于孔子鸟属。但目前缺乏细节描述。

　　中生代鸟类谱系

　　在尾综骨鸟目(Pygostylia)中的孔子鸟科的动物属于鸟类中较原始的形式。其较高级的后代，属于Ornithothoraces，它们脊椎骨数目(Thoracalia)较少，第一个手指形成小翼羽Alula(参看上面的解剖比较列表。)所有的现代鸟类都是来源于 “Ornithothoraces”。

　　飞行能力和生活方式不同的古鸟类研究小组对孔子鸟的飞行能力有不同的看法。孔子鸟的手和脚有大的弯曲的爪子。这让人想到，孔子鸟的飞行器官没有足够的力量原地起飞。为此，孔子鸟会用爪子爬到树上，然后从上面坠落，在这种自由下落的过程中开始拍打翅膀起飞。这种观点却有违一个事实，就是孔子鸟的脚相比近现代鸟类的在抓取方面相对较弱。这种理论的反对者认为，孔子鸟的骨骼其实已经足够强去起飞，比如通过助跑加速完成起飞。

　　侯连海小组认为，孔子鸟可能是一种植食性动物(Hou u. a. 1999)，但有别于其他在热河组发现的鸟类化石，直到目前仍没能找到有关孔子鸟胃内容物的标本，以直接证明该观点的正确。

　　大量的孔子鸟骨骼化石是在四河屯的湖沉积物中发现的，这可以推断孔子鸟喜欢寻觅湖边地带生活。在有些地层的标本密度超过40件/100 m²，推断可能是由于自然灾害造成的集体死亡：在一次火山爆发中很多孔子鸟同时死亡，它们的尸体被雨水从岸上冲刷到湖中。这种理论有一个推论，就是孔子鸟和其他很多近现代鸟类一样，过的是群居生活，起码会有一段时间集中在一起。